Как высчитывать срок по возврату переплаты, возникшей после ликвидации дробления предприятия

При выездной проверке специалисты установили, что налоговая база была переброшена в другую компанию, однако судом, в том числе и ВС, было запрещено возвращать переплату по истечении трехлетнего срока.
В компании №1 была произведена реорганизация. После нее появилось несколько дочерних предприятий, в числе которых – компания №2. На нее были переведены часть активов и часть деятельности. Основное предприятие работало по общему режиму, а дочернее – по упрощенному. Налоговая, выехавшая с проверкой, доначислила налог на прибыль, объединив доходы основного предприятия с дочерним. В связи с этим сведения продублировались: налог по УСН с налогом на прибыль.
В ходе судебных разбирательств не удалось оспорить разделение бизнеса и доначисления. Компания №2 подавала уточненки по УСН за 2013-2015 гг. с нулевыми показателями, а позже, в 2018 г. обратилась в налоговую с требованием вернуть переплаты по УСН. Налог удалось получить лишь за 2015 г. (по истечении трехлетнего срока). Компания №1, осознавая всю противоправность своих действий, обратилась в суд, утверждая, что о переплате должно было стать известно после «отказного» решения суда по факту выездной проверки. Однако суды не согласились с этим, парируя тем, что дочерние предприятия не вели самостоятельную деятельность и были подконтрольны материнскому.
Поскольку трехлетний срок с момента уплаты налогов истек, суд не нашел оснований для того, чтобы начать считать его с другой даты. Сведения о том, что компания не была осведомлена о переплате, не доказаны, как и не обнаружены препятствия для своевременной оплаты налогов по УСН.
Известно и о другом деле, которое закончилось не столь плачевно для руководства ИП. Компания применяла ЕНВД и УСН, однако торговые площади делила с другим ИП. Первому был доначислен налог по УСН с доходов от розничной торговле. А переплату по ЕНВД он смог вернуть в судебном порядке, невзирая на сроки и доводы налоговиков о том, что нарушение осуществлялось целенаправленно.